2077年の地球は、60年前の地震や津波、また宇宙人（スカヴ）の侵略に対する核攻撃によって、もはや人類自体が住めなくなっている。生き残った人類は土星へ移住、ジャック・ハーパー（トム・クルーズ）は、いまだ続くスカヴの侵略を警戒しながら、無人となっ…